Las nueve escuelas (Ryū) que forman la Bujinkan son nueve linajes guerreros que sobrevivieron siglos de historia japonesa, transmitidos hasta hoy a través del Sōke Masaaki Hatsumi.
Togakure Ryū (戸隠流) — Ninpō Taijutsu
La escuela de la puerta oculta. Nacida en las montañas de Togakure, transmite el arte de la perseverancia y la supervivencia por encima del enfrentamiento directo. Es el alma de la tradición ninja dentro de la Bujinkan.
Gyokko Ryū (玉虎流) — Kosshijutsu
La escuela del tigre de jade. Ataca los músculos y los puntos vitales del cuerpo mediante los dedos y el pulgar. Es la base sobre la que se comprende gran parte del Taijutsu de la Bujinkan.
Kōtō Ryū (虎倒流) — Koppōjutsu
La escuela de derribar al tigre. El arte de golpear los huesos, con movimientos directos y demoledores. El Dai Shihan Tenryû posee el Menkyo Kaiden de esta escuela, entregado por Noguchi Sensei.
Shinden Fudō Ryū (神伝不動流) — Dakentaijutsu
La escuela inmovible de transmisión divina. Enfatiza el movimiento natural y la lucha sobre terreno irregular, sin posturas artificiales.
Kukishinden Ryū (九鬼神伝流) — Happō Bikenjutsu
La escuela de la transmisión divina de los nueve demonios. La gran tradición de armas: sable, lanza, alabarda y bastón, con una técnica robusta heredada del combate con armadura.
Takagi Yōshin Ryū (高木揚心流) — Jūtaijutsu
La escuela del corazón del sauce elevado. Arte de proyecciones, luxaciones y control cercano, nacido para la guardia personal. Como el sauce, cede ante la fuerza y la devuelve.
Gikan Ryū (義鑑流) — Koppōjutsu
La escuela de la justicia y la verdad. Golpes de koppōjutsu con una filosofía centrada en la rectitud del guerrero: el golpe justo nace de un corazón recto.
Gyokushin Ryū (玉心流) — Ninpō
La escuela del corazón de jade. Tradición ninja centrada en el sacrificio del cuerpo (sutemi) y el uso de la cuerda para la captura y el control.
Kumogakure Ryū (雲隠流) — Ninpō
La escuela de esconderse en las nubes. Conocida por el uso del kamayari y sus técnicas de evasión. Como la niebla, el guerrero no puede ser aferrado.